Kubbetu’s-Sahra avlusunda birçok kubbe bulunmaktadır. Kubbeler, Kubbetu’s-Sahra ve Kıble Mescitlerinin görülmesi ve imamın sesinin işitilmesi amacıyla sütunlar üzerine ve duvarsız yapılmıştır.
Zincir Kubbesi (Silsile Kubbesi)
Kubbetu’s-Sahra’nın doğu kapısının önündedir ve onun 1/27 ölçeğinde bir maketi gibidir. Kubbetu’s-Sahra’nın mimarlarınca önce bir model olarak yapıldığı ve Abdulmelik b. Mervan’ın beğenmesi üzerine Kubbetu’s-Sahra’nın yaptırıldığı söylenmektedir. Başka bir görüşe göre burası, aslında duvarları olan bir hazine olarak inşa edilmiş ve Emevî inşaatları için toplanan hazine burada saklanmıştır. Kubbe, Haçlılar döneminde şapel ve Kutsalların Kutsalı Kilisesi olarak da kullanılmıştır. On küsur sütun üzerindeki eğimli çatının üstünde yer alan kurşunlu kubbeli bir yapıdır. Her tarafı açık olan kubbenin kıble tarafında mihrap bulunmaktadır. Kubbealtı kuşaktaki çiniler ve yerdeki mermerler Osmanlı mirasıdır. Osmanlı döneminde burada önemli toplantılar yapılmıştır.
Mirac Kubbesi
1200’de Eyyûbî Sultanı el-Âdil döneminde inşa edilmiş olup Kubbetu’s-Sahra’nın kuzeybatısındadır. Buranın yerinde 699’da bile bu isimle bir kubbenin bulunduğu söylenmektedir. Hz. Peygamber’in Mirac’a bu noktadan yükseldiği belirtilmektedir. Sekizgen bir yapının üzerindeki kubbenin içinde güney duvarına bitişik, 1781’de yapılmış bir Osmanlı mihrabı mevcuttur. Bina, Haçlı binalarından aktarılmış 30 kadar ince sütun üzerinde duran taş kubbeli bir yapıdır. Muhtemelen duvarlarla sonradan kapatılmıştır. Kubbenin zirvesinde ise alem yerine yine sütunlar üzerindeki minyatür başka bir kubbe vardır.
Nebi Mihrabı ve Kubbesi
Kubbetu’s-Sahra ile Mirac Kubbesi arasındadır. Peygamberimizin (sas) Mirac gecesi önceki peygamberlere imamlık yaptığı yerde inşa edilmiştir. Yapının zemini, Memlûklerden; mihrabın etrafını çeviren nişler, kubbe ve 8 sütun ise Osmanlı’nın farklı dönemlerinden gelmedir.
Ruhlar Kubbesi
Kubbetu’s-Sahra’nın kuzeydoğusundaki bu kubbe, 17. yüzyılın ilk yarısında yapılmıştır. Kim tarafından ve neden yaptırıldığı bilinmemektedir. Sekiz sütun üzerine kurşun kaplı kubbesiyle sekizgen bir yapıdır. Filistinliler, burada Allah’ın veli kullarının ruhlarının buluştuğunu ve duaların kabul edildiğini söylerler.
Hızır Kubbesi
Kubbetu’s-Sahra’nın kuzeybatı köşesindeki mizanların hemen güneyindedir. Kim tarafından ve neden yaptırıldığı bilinmemektedir. Altı sütun üzerine kurşun kaplı kubbesiyle altıgen bir yapıdır. Yapının, Memlûklere mi, Osmanlılara mı ait olduğu ihtilaflıdır. Sufîler, Hızır’ın İstanbul’un fethinden evvel namazlarını burada kıldığını söylerler. Kubbenin alt katında Hızır Zaviyesi ve girişinde de Hızır Makamı mevcuttur. Mevlevihane’de yaşayan dervişlerin, Cuma günleri bu kubbenin etrafında toplanıp dua ettikleri belirtilir.
Süleyman Kubbesi veya Taşın Parçası Kubbesi
Eyyûbîler döneminde 13. yüzyılın başında inşa edildiği sanılmaktadır. Binanın içinde, batı kenarında 2 metre uzunluğunda, 1.2 metre genişliğinde ve yerden 28 cm yüksekliğinde doğal bir zemin kayası vardır. Demir parmaklıklarla çevrilmiş olan bu tabii kayanın, Kubbetu’s-Sahra inşaatı sırasında Hz. Süleyman’ın üzerine çıktığı taş olduğu sanılmaktadır. Bu nedenle “Süleyman Kürsüsü” veya “Süleyman Kubbesi” denilmektedir.
Yahudiler ise bu kayanın Kuruluş (Muallak) Kayası’ndan koparıldığına, Buhtunnasır’ın götürdüğü bu kayayı, Yahudilerin geri getirdiğine ve Beytu’l-Makdis’in açılışında Hz. Süleyman’ın durduğu yere konulduğuna inanmaktadırlar. Bu sebeple de buraya “Taşın Parçası Kubbesi” de denilmektedir.
Musa Kubbesi
1247’de Sultan Necmeddin Eyyûb tarafından zâhidler için yaptırılmıştır. Bir mastabanın üzerinde, 6 x 6 kare, 6 pencereli, mihraplı ve taş kubbeli bir yapıdır. Günümüzde Kur’an hıfzı için kullanılmaktadır.
Nahv Kubbesi
Kubbetu’s-Sahra’nın güneybatısına 1207’de yapılan bu kubbede Arapça nahiv (gramer) dersleri verilirdi. Bitişik üç odalı bu yapı günümüzde Mahkeme Arşiv binası olarak kullanılmaktadır.