Mescid-i Aksâ alanında, farklı tarihlerden gelen toplam beş mescit bulunmaktadır:
Kıble (Aksâ) Mescidi
Halk arasında “Mescid-i Aksâ” diye bilinen bu mescidin asıl adı “Mescidu’l-Kıble” yani Kıble Mescidi’dir. Mescid-i Aksâ’nın kıble tarafında yer alan bu mescit, Emevî dönemi halifesi Velid zamanında (705-715) 15 sütun üzerine oldukça büyük bir yapı olarak inşa edilmişti. Tarih boyunca geçirdiği birçok restorasyonlardan sonra bugün 7 sütun üzerinde ve 80 x 55 m. genişliğindedir. Sütunlar farklı tarihlere aittir. 7 koridordan oluşan mescidin daha geniş olan orta koridoru 12 mermer sütun üzerinde yükselir ve sütun başları ahşap kolonlarla birbirine bağlanır. Bu koridorun kıble tarafında küçük bir kubbe ve onun altında da mihrap ve minber bulunmaktadır. Emevîlerin büyükçe yaptıkları kubbeyi Fâtımîler küçülterek Kubbetu’s-Sahra’nın kıble hizasına almışlardır. Kubbedeki işlemeler, Fâtımî, Eyyûbî, Memluk, Osmanlı ve modern dönemin izlerini taşır. Kubbe ve kasnağında Emevî ve Eyyûbî dönemlerinden kalma sarı, yeşil ve mat kırmızı mozaik işlemeleri bulunur. Velid, bu mozaikler için İstanbul’dan ustalar getirtmiştir.
Selahaddin Mihrabı
Kıble Mescidi’ndeki mevcut mihrap, Selahâddîn-i Eyyûbî tarafından yaptırılmıştır. Farklı renklerde mermer sütunlar, altın yaldızlı başlıklar ve yine farklı renklerde mermer levhalarla bezenmiş bir niş gövdesiyle göz alıcı bir yapıdır. Etrafını üç taraftan çevreleyen kûfî hat, İsrâ Sûresi 1-7. ayetleri vermektedir.
Zengî Minberi
Nureddin Mahmud Zengî’nin Mescid-i Aksâ için altı Halepli ustaya yaptırdığı XII. yüzyıla ait bu en güzel minber, Haçlı istilası sebebiyle ancak Selahaddîn-i Eyyûbî tarafından yerine konulabilmişti. 1969’da bir fanatik tarafından Mescid-i Aksâ’da çıkartılan yangında harap olan bu ceviz minberin tezyinatında sedef ve fildişi kakma tekniği uygulanmıştı. Mescitteki mevcut minber ise, Ürdün Kralı Hüseyin tarafından yaptırılmış ve buraya 2007’de yerleştirilmiştir. Türk, Endonezyalı, Mısırlı ve Ürdünlü ustalar bu minberi, 3000 parçayı çivi vb. kullanmadan künde-kârî sanatıyla üç yılda yapmışlardır.
Hz. Musa, Hz. İsa ve Hz. Zekeriyya Mihrapları
Minberin hemen batısında Hz. Musa (as) ve Hz. İsa (as) adını taşıyan nispeten küçük yan yana iki mihrap daha vardır. Bunlar, daha önce var olan mihrapların hatıralarının korunması yahut Hristiyanlık döneminde onlar adına bulunan şapel, mihrap veya sunakların bu şekilde İslamlaştırılması şeklinde izah edilebilir. Benzer bir durum Mescid’in doğu duvarı üzerindeki bir odacık ve içindeki Hz. Zekeriyya (as) Mihrabı için de geçerlidir. Bu da, Hz. Meryem’in içinde yetiştiği, Hz. Zekeriyya’nın (as) da dua ve ibadet ettiği, Kur’an’da zikredilen (Âl-i İmrân, 3/37, 39) mihrabın hatırasına yapılmış olmalıdır. Haçlılar döneminde Mescid-i Aksâ saray olarak kullanılınca buranın, mihrap, nişleri, nişin merkezindeki mermer gül motifi, aslan ayağı motifli sütun başlarıyla saray içinde bir şapele çevrildiği anlaşılmaktadır.
Mescidin içinde bulunan 155 vitray cam, Osmanlı eseri olup, bazılarının üzerinde âyet-i kerimeler (Kalem, 68/4; Tevbe, 9/19) de yazılmıştır. Osmanlı dönemindeki yenilemelerin sonuncusu ise 1874’te Sultan Abdulaziz tarafından yaptırılmıştır.
Ömer Mescidi
Kıble Mescidi’nin güneydoğu köşesinde Osmanlıların ilave ettiği küçük bir mescittir. Bu mescidin Hz. Ömer’in (ra) inşa ettirmiş olduğu ilk mescidin yerinde olduğuna inanılır. Osmanlılar böylece Ömer Mescidi’nin ismini yaşatmak istemişlerdir. Mescitteki kadim mihrabın, Emevîlerin yaptırdığı ilk mescidin mihrabı olduğu, ilk kubbenin de buranın üzerinde olduğu iddia edilir. Fakat mihrabın iki tarafındaki sarmal sütunlar ile sütunların baş ve ayaklarındaki motiflerin İslamî olmadığı açıktır. Bu durumda ya bu mihrap Haçlı döneminden kalmıştır yahut Emevîler onlardan kalma malzemeyi kullanmışlardır. Hatta görülen bu Anka kuşu motiflerinin, çok eski Yahudi taş işçiliği olması da muhtemeldir.
Kadîm Mescid
Kıble Mescidi’nin alt katında iki koridor şeklindedir. Gerek sütunlarından, gerekse tavan işlemelerinden buranın Roma döneminden kalma büyük bir sarayın parçası olduğu anlaşılmaktadır. Herod döneminde yapıldığı sanılan bu koridorlar, güneyde ikili (Nebi Kapısı), üçlü ve tekli kapılara açılmaktadır. Hz. Peygamber’in (sas) Mirac gecesi bu koridoru kullandığına inanıldığından Nebi Kapısı denilmiştir. Burada kireç taşından yontma oldukça büyük ve kadim orijinal sütunlar bulunmaktadır. Kureyşlilerin “Mescid-i Aksâ’yı bize anlat!” dediklerinde muhtemelen Hz. Peygamber bu sütunlardan söz etmiş olmalıdır. Mescid’in güneydoğu köşesindeki bir odada, aşağıda bulunan su sarnıçlarına ulaşan bir kuyu kapağı mevcuttur. Bu kısım, uzun müddet su sarnıcı, bazı durumlarda da zeytinyağı deposu olarak kullanılmıştır.
Osmanlı dönemlerinde ihmal edildiği için toprakla dolan Kadim Mescit, 2000’lerin başında başlatılan çok gayretli restorasyon çalışmaları sonucunda ibadete açılmıştır. Mescid’in güney ucuna da Hadis ve Tefsir dersleri okutulan bir medrese yerleştirilmiştir. Böylece, buralarda bulunduğu sanılan Hz. Süleyman’ın kütüphanesi de ihya edilmek istenmiştir. Nitekim bugün Kıble Mescidi’nin kıblesinde dışarıya çıkan kısımda Hateniyye Kütüphanesi bulunmaktadır. Selâhaddîn-i Eyyûbî’nin medrese ve zaviye olarak yaptırdığı bu kısım, hicrî 8. yüzyıl âlimlerinden Şeyh el-Hatenî’nin adıyla anılmaktadır. ez-Zâviyetu’l-Hateniyye de denilen ve birçok kitabı içeren kütüphane, 1999’dan beri okurlara hizmet vermektedir.
Mervan Mescidi
Mescid-i Aksâ alanının güneydoğu köşesinde yer altında 12 koridor ve 88 sütundan oluşan hayli büyük bir mescid daha vardır. Abdülmelik b. Mervan Kubbetü’s-Sahra’yı inşa ettirirken Roma döneminden kalma bazı sütunların üzerini ahşapla kapatmıştı. Haçlılar ise taş kubbelerle kaplamışlar ve oraya Süleyman’ın Ahırları demişlerdir. Daha önce burada Meryem Kilisesi olduğuna ve Hz. İsa’nın burada şeytan tarafından imtihan edildiğine inanan Hristiyanlar da, ortaçağlarda Yahudiler de bu kısma önem atfetmekteydiler.
Mervan Mescidi’nin güneydoğu köşesinde “Mehd-i İsa” yani “İsa’nın Beşiği” denilen bir taş leğen ve onu taçlandıran Osmanlı yapısı bir ahşap kubbe bulunur. Hristiyanların Hz. İsa’nın (as) burada vaftiz edildiğini iddia ettikleri bu kısım, 5. yüzyılın ikinci yarısında yapılmıştır. Bazı Müslümanlar ise buranın, Hz. Meryem’in kucağındaki bebek İsa’nın hahamlara konuşup peygamberliğini ilan ettiği yer olduğuna inanırlar (Bkz. Meryem, 19/27-33). Başka bir görüşe göre burası, Memlük Şam Valisi el-Muazzam İsa tarafından Hanbeliler için bir mescid ve medrese olarak yaptırılmıştır.
Burak Mescidi
Mescid-i Aksâ Külliyesi’nin güneybatı köşesinde Faslılar Kapısı’nın hemen girişinde bulunan bir yer altı mescididir. Burak (Ağlama) Duvarı’nın arkasına düşen bu mescit, aynı zamanda “Faslılar Mescidi” olarak da anılır. Fas’tan gelmiş olan Şazelîler, asırlardır burada Cuma sabahları zikir yapmışlardır. Peygamberimizin (sas) miraç gecesi Burak’ı buraya bağladığına inanılır. Mescidin duvarında bunu sembolize eden demir bir halka vardır. Bu, Hz. Peygamber’in (sas) “Onu önceki peygamberlerin bağlamış olduğu halkaya bağladım” (Müslim, Îmân, 259.) dediği halkayı temsil eder. Mescid, 1843’te Sultan Abdulaziz tarafından restore edilmiştir.
Hanımlar Mescidi
Kıble Mescidi’nin güney batı tarafından güney sur duvarına paralel olarak batıya doğru uzanan bir yapıdır. Haçlı korsanların yemekhane olarak kullandıkları bu mekânı Selahâddîn-i Eyyûbî mescide çevirmiştir. Yapının güneybatı kısmı İslam Müzesi, doğu kısmı Mescid-i Aksâ İmar Komisyon Merkezi, orta kısım ise Hanımlar Mescidi olup mihrabı bulunmamaktadır.