Mekke’ye uzaklığından dolayı bu mabede “uzak mescit” anlamında “el-Mescidü’l-Aksâ”; kutsallığından dolayı da “mukaddes ev” anlamında “Beytu’l-Makdis” denilmektedir. Mabede verilen bu ad sonradan şehrin tamamını kapsamına almıştır. Şehir için Müslümanların benimsediği Kudüs adı da, aynı kökten gelmekte ve aslında şehri değil mabedi ifade etmektedir. Çevresiyle birlikte Harem- i Şerîf denilen Mescid-i Aksâ, içinde Kubbetu’s-Sahra’nın da yer aldığı toplamda 144 dönümlük kutsal mekânın tamamıdır. Burası, eski Kudüs’teki kuzeyi 321, güneyi 283, doğusu 474 ve batısı 490 m. uzunlukta olan ve yer yer 30-40 m. yüksekliğe ulaşan surlarla çevrilidir.
Mûsevîliğe göre bu mabet, dünya yaratılmadan önce de vardı ve gökte idi. Rab, dünyayı onun gölgesinin düştüğü yerden yaratmaya başlamış, ardından o noktada Hz. Âdem’i (as) yaratmıştır. Tarihe bakıldığında Mescid- i Aksâ’nın yerinin tespiti ve planlanması Hz. Davud (as) ile başlar. Ancak Hz. Süleyman (as) tarafından yedi yılda yapılır. Bazı ilim adamlarına göre ilk mabedin yeri günümüzde Kubbetü’s-Sahra’nın bulunduğu Harem’in en yüksek kısmı, onun “Kudsü’l-akdes” (Kutsalların Kutsalı) denilen en iç mekânına veya sunağının (mezbah) bulunduğu kısmına tekabül etmektedir.
Ahd-i Atîk mâbedin ölçüleri, mimari yapısı, kullanılan altın ve malzemeler, heykeller ve su kazanlarından bahsile hayli detaylar verir. Mabet büyük bir törenle açılmış, bu sırada görülen bazı olağanüstü hâller karşısında İsrâiloğulları taş zemin üzerinde secdeye kapanmışlardır. Bu ilk mabetten günümüze belki sonraları tekrar kullanılan bazı taşları dışında fazla bir şey kalmamıştır. Benzer bir şekilde Kur’an’da Hz. Süleyman’ın (as) emrinde çalışan cinlerin mihraplar (bölmeler), heykeller, havuzlar kadar geniş leğenler ve sabit kazanlardan ne dilerse yaptıkları bildirilir.
Çok değerli eşya ile dolu olan Beytu’l-Makdis, Hz. Süleyman’dan (as) sonra zaman zaman istilacıların yağmalama ve yıkımlarına maruz kalmıştır. En büyük yıkım Bâbil imparatoru II. Buhtunnasr’ın (Nebukadnezzar) Kudüs’ü üçüncü işgali sırasında olmuştur (MÖ 586). Şehri tamamen tahrip eden Buhtunnasr yıkılan mabedin kapı ve duvarlarından söktüğü altın kabartmalarla diğer kıymetli eşyayı şehirden topladığı ganimetlerle ve halkın büyük bir kısmıyla beraber Bâbil’e götürmüştür. MÖ 539’da Bâbil esaretinin sona ermesinin ardından Kudüs’e dönen Yahudiler mabedi yirmi beş yılda yeniden inşa etmişlerdir. Daha sonra Kudüs birkaç defa daha istilaya uğramıştır. MÖ 37’de Romalıların Yahuda kralı ilan ettikleri I. Herod (Büyük Herod) tarafından mabet restore edilerek genişletmiş ve koruma duvarları inşa edilmiştir. Bu inşaat Hz. İsa’nın doğumundan yirmi yıl kadar önce başlamış ve onun zamanında da sürmüştür. Günümüzde Yahudilerin ilk Süleyman Mâbedi’nin bir bölümü olduğu düşüncesiyle önünde dua ettikleri Batı (Ağlama) Duvarı bu mabedin çevre duvarının batıya düşen kısmının kalıntısıdır. Kur’an’da bahsi geçen Hz. Zekeriyya’nın (as) ve Hz. Meryem’in ibadete çekildikleri odalar da bu binada olmalıdır.
Ahd-i Cedîd’de verilen bilgilerden Hz. İsa’nın (as) yaşadığı dönemde Yahudilerin mabede gereken saygıyı göstermedikleri, Hz. İsa’nın (as) orada İncil’i öğretmeye çalıştığı, fakat Yahudi kohen, yazıcı ve ihtiyarlarının buna karşı çıktıkları anlaşılmaktadır.
Hz. Peygamber (sas), Mirac yolculuğuna çıkmadan önce Müslümanların kıblesi olan Mescid-i Aksâ’ya getirilmiştir. Hz. Ömer (ra), Kudüs’ün anahtarını teslim aldığında kendisi de bizzat çalışarak Mescid-i Aksâ’nın (Süleyman Mâbedi) Hristiyanlık döneminde molozlar altında kalmış olan yerini temizletmiştir. Sahra’nın güneyindeki düzlükte cemaate namaz kıldırmış, daha sonra da buraya bir mescit yaptırmıştır.
Mescid-i Aksâ, ikinci defa Emevî Halifesi Abdülmelik b. Mervân (685-705) veya I. Velîd (705-715) tarafından inşa edilmiştir. 747-748 yıllarında vuku bulan deprem sonrasında Ebû Ca‘fer el-Mansûr (754-775); 775’teki deprem sonrasında da Mehdî-Billâh (775-785) tarafından yenilenmiştir. Abbâsî dönemine ait ikinci önemli imar Halife Me’mûn zamanında (813-833) yapılmıştır. 1034’teki depremde harap olan Mescid-i Aksâ, Halife Zâhir’in (1225-1226) emriyle yeniden yapılırcasına onarılmış, sağ ve sol taraftan dörder nef kaldırılarak bina küçültülmüştür. Haçlı istilasından sonraki Selâhaddîn- i Eyyûbî’nin imarında bu onarım esas alınmıştır. Günümüzdeki binanın büyük bir bölümü de Zâhir döneminden kalmadır.
Memlük ve Osmanlı dönemlerinde birçok defa tamir edilen Mescid-i Aksâ’nın Kanûnî Sultan Süleyman tarafından yapılan onarımıyla ilgili kitâbesi XIX. yüzyılın sonlarında kaybolmuştur. II. Abdülhamid tarafından halıları ve kandilleri yenilenen yapıda İngiliz mandası döneminde 1922’den başlayarak gerçekleştirilen geniş kapsamlı onarım çalışmasını Mimar Kemâleddin Bey yönetmiştir.
21 Ağustos 1969 tarihinde bir fanatik tarafından çıkarılan yangında kısmen tahribat gören mescidde Nûreddin Zengî’nin yaptırdığı nefis ahşap minber de yanmıştır. Yapı sonraki yıllarda aslına uygun biçimde Türkiye’nin de katkısıyla imar edilmiştir.
Bugün Aksâ’nın yönetimi, restorasyon ve korunması Müslüman Dini Vakıf’a ait ise de maalesef Mescid-i Aksâ bölgesi, İsrail’in kontrolündedir. Aksâ’nın her giriş kapısı bir İsrail karakoluna çevrilmiştir ve namaza girişler dahi onların keyfî tutum ve denetimine tabidir. Sık sık elli yaşından genç olanlar geri çevrilmekte, Filistinlilerin kimliklerine el konulabilmektedir.